附睾炎：是男性NGU的主要并发症。主要表现为附睾肿大，发硬且有触痛，如累及睾丸时可出现疼痛、触痛、阴囊水肿和输精管变粗等。从肿胀的附睾中抽取液体，有时可分离到衣原体，临床上附睾炎和尿延炎常同时存在。

前列腺炎：可有后尿道、会阴和肛门部位的坠胀和钝痛感。疼痛可放射到横膈以下各个部位，在晨间较为明显。可产生性功能障碍。直肠指检可触及肿大的，有压痛的前列腺。在急性期，丧列腺严重充血，肿大的腺体可造成后尿的梗阻病症如尿流变细、排尿无力、尿频和尿流中断等症状。

Reiter综合征：即关节炎、结膜炎、尿道炎三联征，可能是特异体质的个体对一种或多种觉感染因子发生的特异反应。

其他：眼色素膜炎、强量性脊柱炎等。

(2)女性NGU的并发症  

主要为盆腔炎，包括急性输卵管炎。可有寒战、高热和下肢疼痛。可伴有恶心、呕吐、腹胀、腹泻、尿和尿急等症状。有时骶部酸痛，并向大腿部放射。妇科检查宫颈举痛，子宫一侧可有明显压痛和反跳痛，约25％患者可扪及增粗的输卵管或附件的炎性包块。慢性输卵管表现为下腹部能、腰痛、月经异常及不孕症等。女性NGU的合并症还有子宫内膜炎、非淋菌性前庭大腺炎、非淋菌性直肠炎、Reiter综合征和不孕症等，妇性的非淋菌笥生殖道感染常使不孕、异位妊娠、自然流产、早产、死胎、新生儿感染和死亡率增加。