潜伏可有数天至数月，但多数为1～3周。

(1)男性非淋菌性尿道炎    症状与淋球菌性尿道炎类似，但程度较轻，可有尿道内的不适、刺痒、刺痛或烧灼感，少数有尿频。尿道口轻度红肿，分泌物稀薄，量少，常为浆液性或粘液脓性。能自行从尿道口流出者少见，长时间不排尿或早晨首次排尿前有时能见到逸出尿道口的分泌物或结成粘糊状可封住尿道口(称为糊口)，或见污秽裤裆。

30％～40％非淋菌性尿道炎(NGU)病人无症状。50％病人初诊时被误诊。约有10～20％的患者同时有淋病。

(2)女性非淋菌性尿道炎(宫颈炎)   多以宫颈为中心扩散到其他部位。当引起粘液脓性宫颈炎时，表现为白带增多、外阴及阴道瘙痒、下腹部不适等症状，检查发现子宫颈水肿或糜烂，宫颈口有粘液脓性分泌物，有些宫颈沙眼衣原体感染的妇女没有症状和体征，但阴道间检查发现有粘液脓性宫颈炎，伴有子宫颈内柱状上皮细胞的黄色粘液脓性分泌物。宫颈分泌物涂片革兰染色，每个显微镜视野(100×)可见≥30个中性粒细胞。子宫颈活检显示上皮下间质中有单核细胞为主浸润，常伴有滤泡样子宫颈炎。宫颈衣原体感染与宫颈癌前病变或宫颈 癌之间有似乎有很密切的关系。

当引起尿道炎时，有50％的病人有悄频和排尿困难，但无尿痛症状或仅有很轻微的尿痛，可有少量尿道分泌物，尿道口有潮红和肿胀。不少患者无任何尿道症状。